超声波除藻设备由两部分组成，即主机与超声波探头。主机由交流220V供电，在给主机供电之前，请先将主机的电源开关置于关闭状态（置于OFF位置），然后将超声波探头接到主机上，主机与超声波探头之间通过航空插头连接，把超声波探头的航空插头插到主机航空插座CH1处，插牢拧紧。超声波探头置于水中，注意要将探头全部没入水中，再把主机的电源插头插好。
打开主机电源开关，电源开关旁边的电源指示灯长亮。在探头插座旁边的LED指示灯，是探头工作状态指示灯，在正常情况下，主机工作时，LED指示灯会闪亮。
超声波除藻设备的发射探头是全密封的防水的，工作时，探头要没入水中，请使用适当的方式，使探头悬浮于水下10cm左右处，探头的方向与水面平行，探头的正面朝向开阔水域。
目前超声应用的研究已经证明了超声波可以激活生物细胞，促进代谢。较低强度的超声波不会破坏细胞的完整结构，却可以增强细胞的代谢活动及增加细胞膜的透性和选择性，同时促进酶的生物催化活性。较高强度的超声波作用则可使酶变性，使细胞内含胶体物受强烈振荡后发生絮凝沉淀、凝胶发生液化或乳化，从而使细菌失去生物活性。此外，超声波空化产生的瞬间高温及温度变化、瞬间高压和压力变化，使液体中某些细菌致死，病毒失活，甚至使体积较小的一些徽生物的细胞壁破坏。更高强度的超声波可以破坏细胞壁，从而使细胞内物质释放出来，这些生物效应也同样适用于超声波对获体的作用。由于藻类细胞结构的特殊性，超声除藻还有一项特别的机理，就是利用藻细胞内的气囊作为空化泡的空化核，在空化泡破裂时打破气囊而导致藻细胞失去控制浮动的能力。
